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En lo que se refiere a la vegetación natural de Cilleros, las series climatófilas, que ocupan la mayor extensión del territorio son las siguientes:
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El roble melojo o tozo (Quercus pyrenaica) es un árbol de bosque lluvioso, apareciendo en las zonas de mayor altitud de la Sierra de Santa Olalla, siendo a menor altitud sustituidos por madroños. También aparecen en valles montanos de menor altitud, cuando las condiciones térmicas y ómbricas lo permiten. Los robledales forman suelos eutrofos, las llamadas vulgarmente tierras pardas de melojar, pero cuando son sustituidos por pinos, se degradan. Tienen una interesante vegetación de sotobosque, formada por plantas anuales y vivaces, que completan su ciclo anual, sobre todo su etapa reproductora, antes de que los árboles se cubran de hojas nuevas y la luz sea un factor en mínimo.
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Se situan en suelos de hasta 600 metros de altitud en ombroclima que va de seco a subhúmedo. Los alcornocales (Quercus suber) exigen suelos silíceos profundos de rañas y faldas de sierra, siendomás exigente en humedad que la encina. Cuando se degradan dan paso a jarales y brezales, con la misma composición florística que cuando se degradan los robledales. Las dehesas de Cilleros y Perales son el hábitat ideal para este tipo de árboles.
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Son los bosque mas extensos, habitan las penillanuras, llanuras de sedimentación, colinas y partes inferiores de las laderas de sierras, ombroclima seco y de variable profundidad. La especie mayoritaria es la encina o carrasca (Quercus rotundifolia) que frecuentemente es acampañada por el peral silvestre, puruétano o galapero. Es muy difícil encontrar un bosque de encinas primitivo, en su mayor área se ha transformado en el llamado encinar adehesado mediante el clareo de árboles para permitir la formación de pastizales. Cuando se abandona el pastoreo, el pastizal se embastece y se invade de ceborranchas, gamones y tomillos. En las cumbres cuarcitosas de las sierras hay encinas con enebros, formando un arbolado abierto que no llega a ser bosque.
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Existen bosques de coníferas como consecuencia de las distintas repoblaciones, principalmente pino y eucalipto, diseminados en la zona que comprende el oeste de Cilleros, desde la población hasta prácticamente el límite con Portugal. Muchos de estos bosques, una vez talados y cumplido su objetivo maderero están siendo reemplazados por bosques de encinas y alcornoques.
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La flora está constituida en un noventa por ciento por elementos mediterráneos de gran área, fundamentalmente aquellos que constituyen los pastizales y matorrales. La flora atlántica ocupa nichos muy ecológicos muy específicos y su número es escaso; igualmente, podemos decir de la flora mediterráneo-ibero-atlántica, cuya penetración se raliza siguiendo las alineaciones montañosas de ombroclima húmedo-hiperhúmedo de las sierras, siendo plantas que forman parte de los jarales y brezales.
Según la ordenación biogeográfica, Cilleros se encuentra en la región Mediterránea, y en la provincia corológica Carpetano-Ibérico-Leonesa.
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